İstanbul Sağlık ve Teknoloji Üniversitesi BİLGİ PAKETİ / DERS KATALOĞU
| Moleküler Biyoloji ve Genetik | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
Course General Introduction Information
| Ders Kodu: | MBG214 | ||||
| Course Name: | Moleküler Biyolojide Temel Hesaplamalar | ||||
| Ders Yarıyılı: | Bahar | ||||
| Ders Kredileri: |
|
||||
| Öğretim Dili: | TR | ||||
| Ders Koşulu: | |||||
| Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?: | Hayır | ||||
| Dersin Türü: | Zorunlu | ||||
| Dersin Seviyesi: |
|
||||
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze | ||||
| Dersin Koordinatörü: | Dr.Öğr.Üyesi SONER AKSU | ||||
| Dersi Veren(ler): | Soner Aksu, PhD | ||||
| Dersin Yardımcıları: |
Dersin Amaç ve İçeriği
| Dersin Amacı: | Moleküler Biyolojide Temel Hesaplamalar dersi ile Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü öğrencilerine bu alanda kullanılan deneysel çalışmalar kapsamında kullanılan temel hesaplama yöntemleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır Bu şekilde yapılan deneysel çalışmalar neticesinde elde edilen verilerin nasıl analiz edildiği, çalışma temelinde hesaplanan önemli parametrelerin neler olduğu ve bu rakamsal değerlerin nasıl değerlendirilmesi gerektiği hakkında bilgi sahibi olmaları hedeflenmiştir. |
| Dersin İçeriği: | 1- Giriş ve Tarihçe Tarihçe Ölçme, Birim, SI Temel Ve Türetilmiş Birimler Ozmoz, Diffüzyon, Konsantrasyon Çözümlü Örnekler 2- Bilimsel Gösterim ve Metrik: Biyolojide Ölçmeye Bakış Anlamlı Basamaklar Hesaplamalarda Anlamlı Basamaklara Yuvarlama Üsler ve Bilimsel Gösterim Bilimsel Gösterinde Sayıların İfadesi Sayıların Bilimsel Gösterimden Ondalık Gösterime Dönüştürülmesi Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Toplanması ve Çıkarılması Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Çarpılması ve Bölünmesi Metrik Ön Ekler Dönüşüm Faktörleri ve Sadeleştirme Koşulları 3- Çözeltiler Karışımlar ve Ortamlar Seyreltme Derişim Yüzdelik Çözelti Hazırlama ve Seyreltme Mol ve Moleküler Ağırlık Normalite pH, pKa ARA SINAV 4- Hücre Büyümesi Bakteriyel Büyüme Eğrisi Hücre Konsantrasyonun Ayarlanması OD550 Zamana Karşı Lineer Grafik ve Logaritmik Grafik Çizimi Hücre Konsantrasyonu ve Zamana Göre Logaritmik Eğri İkilenme Süresi Dalgalanım Testi Mutasyon Oranı ve Hızı Hemositometre 5- Bakteriyofaj Çalışmaları Enfeksiyon Çokluğu ve Olasılık Faj Titresinin Ölçümü Seyreltme 6- Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi, Sentez ve Transkripsiyon UV spektroskopi Çift İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Tek İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Oligonükleotid miktarının belirlenmesi RNA konsantrasyonun belirlenmesi Moleküler Ağırlık, Molarite ve Nükleik Asit uzunluğu Saptama Limiti ve Nicelik Limiti 7- PCR Kalıp ve Amplifikasyon Üstel Amplifikasyon PCR’ın Etkinliği Amplikon ve Primer Tm Hesaplamaları Primer ve dNTPs DNA Polimeraz Hata Oranı |
Öğrenme Kazanımları
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) Ölçme kavramı ve farklı ölçme temel ve türetilmiş birimler, SI hakkında genel bilgilendirme 2) Anlamlı basamaklar, rakamların bilimsel gösterimi, üslü sayılar ve üslü sayılarla işlemler, bilimsel gösterime çevrilmiş sayılarla dört işlem, yuvarlama 3) Derişim, seyreltme, konsantrasyon, madde miktarı, moleküler ağırlık kavramları, 4) Mol, molarite, normalite, pH, yüzde konsantrasyon hesaplamları, 5) Zamana göre hücre büyümesi, hücre konsantrasyonunun hesaplanması, ikilenme süresi, dalgalanım varyasyon, mutasyon oranı ve hız hesaplamaları, 6) Enfeksiyon çokluğu, faj titresi hesaplamaları, moi ve pfu kavramları 7) Tek ve çift iplikli DNA ve RNA konsantrasyonu hesaplamaları, konsantrasyon ve kalite parametreleri, Beer yasası, tükenme katsayısı ve konsantrasyon ilişkisi, OD ve konsantrasyon ilişkisi, 8) LOD ve LOQ kavramları ve hesaplamaları 9) PCR kimyasalları için konsantrasyon ve miktar hesaplamaları 10) PCR etkinliği ve amplifikasyon ilişkisi 11) DNA polimeraz hata miktarının hesaplanması 12) Amplikon ve Primer Tm derecelerinin hesaplanması |
Ders Akış Planı
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | 1. Giriş ve Tarihçe Tarihçe Ölçme, Birim, SI Temel Ve Türetilmiş Birimler Ozmoz, Diffüzyon, Konsantrasyon Çözümlü Örnekler 2- Bilimsel Gösterim ve Metrik: Biyolojide Ölçmeye Bakış Anlamlı Basamaklar Hesaplamalarda Anlamlı Basamaklara Yuvarlama Üsler ve Bilimsel Gösterim Bilimsel Gösterinde Sayıların İfadesi Sayıların Bilimsel Gösterimden Ondalık Gösterime Dönüştürülmesi Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Toplanması ve Çıkarılması Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Çarpılması ve Bölünmesi Metrik Ön Ekler Dönüşüm Faktörleri ve Sadeleştirme Koşulları 3- Çözeltiler Karışımlar ve Ortamlar Seyreltme Derişim Yüzdelik Çözelti Hazırlama ve Seyreltme Mol ve Moleküler Ağırlık Normalite pH, pKa ARA SINAV 4- Hücre Büyümesi Bakteriyel Büyüme Eğrisi Hücre Konsantrasyonun Ayarlanması OD550 Zamana Karşı Lineer Grafik ve Logaritmik Grafik Çizimi Hücre Konsantrasyonu ve Zamana Göre Logaritmik Eğri İkilenme Süresi Dalgalanım Testi Mutasyon Oranı ve Hızı Hemositometre 5- Bakteriyofaj Çalışmaları Enfeksiyon Çokluğu ve Olasılık Faj Titresinin Ölçümü Seyreltme 6- Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi, Sentez ve Transkripsiyon UV spektroskopi Çift İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Tek İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Oligonükleotid miktarının belirlenmesi RNA konsantrasyonun belirlenmesi Moleküler Ağırlık, Molarite ve Nükleik Asit uzunluğu Saptama Limiti ve Nicelik Limiti 7- PCR Kalıp ve Amplifikasyon Üstel Amplifikasyon PCR’ın Etkinliği Amplikon ve Primer Tm Hesaplamaları Primer ve dNTPs DNA Polimeraz Hata Oranı | Ders Notları ve Sunumlar |
Kaynaklar
| Ders Notları / Kitaplar: | Frank H. Stephenson – Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji İçin Matematiksel Hesaplamalar, 3. Baskı |
| Diğer Kaynaklar: | Frank H. Stephenson – Mathematical Calculations for Molecular Biology and Biotechnology, 3th Edition |
Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Orta | 3 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Ortaöğretimde kazanılan yeterlilikler üzerine kurulan, moleküler biyoloji ve Genetik alanında en güncel bilgileri içeren ders kitapları, uygulama araç- gereçleri ve diğer bilimsel kaynaklarla desteklenen ileri düzeyde bilgi ve kavrayışa sahip olmak ve bunları kullanabilmek. | 3 |
| 2) | Öğrenciler moleküler biyoloji ve genetik derslerinden edindikleri bilgi ve becerileri entegre ederek teorik ve uygulamalı alanlara uygulayabilirler ve kendi ilgi alanlarına uygun bilgileri kazanabilirler. | 3 |
| 3) | Öğrenciler temel moleküler biyoloji ve genetik teknikleri hakkında pratik becerileri kazanır | 3 |
| 4) | Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki uygulamalarda karşılaşabileceği beklenmeyen karmaşık durumları bireysel ve ekip üyesi olarak sorumluluk alıp çözüm üretebilmek. | 1 |
| 5) | Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında yapılacak akademik çalışmaları planlamak ve bağımsız olarak veya paydaşlarıyla ortaklaşa yürütebilecek yeterliliğe sahip olmak. | 2 |
| 6) | Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında elde edilen verileri istatistiki olarak değerlendirip yorumlayabilme yeteneğine sahip olmak. | 3 |
| 7) | Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki bilgileri takip edebilecek ve meslektaşları ile iletişim kurabilecek düzeyde bir yabancı dil bilgisine sahip olmak. | 1 |
| 8) | Öğrenciler bilimsel verilerin analizi ve bilgi edinme için bilgisayar teknolojilerini kullanabilir. | 1 |
| 9) | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincine sahip olmak, bilgiye erişebilmek, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izlemek ve kendini sürekli yenileme becerisine sahip olmak. | 1 |
| 10) | Tabiattaki ve toplumdaki olayları çevreci bir anlayışla değerlendirip toplumu bu hususta bilgilendirme ve yönlendirme yetisine sahip olmak. | |
| 11) | Öğrenciler gelecekteki işverenlerinin beklentilerine uygun mesleki bilgi ve becerileri edinirler. | 3 |
| 12) | Moleküler Biyoloji ve Genetik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel, etik değerlere ve bu değerleri koruma bilincine sahip olmak. | 1 |
| 13) | Öğrenciler genom bilimi, genetik mühendisliği ve biyoteknolojiyi içeren yaşam bilimi ile ilgili teknolojik platformların avantajları ve sınırlarını değerlendirip anlayabilir. | 1 |
| 14) | Öğrenciler kalite yönetimi ve süreçleri ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olur. |
Öğrenme Etkinliği ve Öğretme Yöntemleri
| Anlatım | |
| Ders | |
| Ödev | |
| Problem Çözme |
Ölçme ve Değerlendirme Yöntemleri ve Kriterleri
| Yazılı Sınav (Açık uçlu sorular, çoktan seçmeli, doğru yanlış, eşleştirme, boşluk doldurma, sıralama) | |
| Ödev | |
| Uygulama |
Ölçme ve Değerlendirme
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ödev | 4 | % 30 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 20 |
| Final | 1 | % 50 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 50 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 50 | |
| Toplam | % 100 | |
İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Aktiviteye Hazırlık | Aktivitede Harçanan Süre | Aktivite Gereksinimi İçin Süre | İş Yükü | ||
| Ders Saati | 14 | 2 | 28 | ||||
| Uygulama | 14 | 1 | 14 | ||||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 10 | 3 | 30 | ||||
| Ödevler | 4 | 4 | 16 | ||||
| Ara Sınavlar | 1 | 1.5 | 1.5 | ||||
| Final | 1 | 1.5 | 1.5 | ||||
| Toplam İş Yükü | 91 | ||||||