Moleküler Biyoloji ve Genetik Önizleme
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Course General Introduction Information

Ders Kodu:

MBG309

Course Name:

Genom Veri Bankaları ve Biyoenformatik Araçlar

Ders Yarıyılı:

Güz

Ders Kredileri:

AKTS

Öğretim Dili:

Ders Koşulu:

Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?:

Hayır

Dersin Türü:

Zorunlu

Dersin Seviyesi:

Lisans

TYYÇ:6. Düzey

QF-EHEA:1. Düzey

EQF-LLL:6. Düzey

Dersin Veriliş Şekli:

Yüz yüze

Dersin Koordinatörü:

Dr.Öğr.Üyesi SONER AKSU

Dersi Veren(ler):

Soner Aksu, PhD

Dersin Yardımcıları:

Dersin Amaç ve İçeriği

Dersin Amacı:

Bu ders ile lisans düzeyindeki öğrencilere, genetik verilere ulaşım, ihtiyaç duyulan verilerin elde edilmesi, veri arama ve işleme ile ilgili temel biyoenformatik araçların kullanımı, bu araştırma ve analiz faaliyetleri ile ilgili temel tanım ve prensipler hakkında yetkinlik kazandırılması amaçlanmıştır.
Ders bilgisayar laboratuvarında gerçek zamanlı uygulamalı bir şekilde gerçekleştirilecek olup, öğrencilerin bire bir uygulama yaparak deneyim sahibi olmaları sağlanacaktır. Bunun yanı sıra karşılaşılan terim, tabir ve yöntemler hakkında da teorik bilgiler aktarılacaktır. Derslerdeki uygulamalı eğitim dışında verilecek ödevlerle edinilen bilgilerin pekiştirilmesi sağlanacak olup bu ödev notları da ikinci vize notunu oluşturacaktır.

Dersin İçeriği:

1. Bilimsel literatür veri bankaları
2. Ensembl genom veri bankası – temel genomik verilere ulaşım
3. Ensembl ve BLAST uygulaması
4. Ensembl ve BioMart uygulaması
5. NCBI veri bankası – temel genomik verilere ulaşım
6. NCBI veri bankası – GenBank ve RefSeq
7. NCBI – Basic BLAST
8. NCBI – Map Viewer
9. UCSC genom veri bankası - temel genomik verilere ulaşım
10. Gene Ontology (GO) – Metabolik Yolak ve Gen Fonksiyonu Veri Bankası
11. Kyoto Encyclopedia (KEGG) – Gen ve Genom Veri Bankası
12. Nükleotid dizi çeviriciler, Primer3: primer tasarımı, OligoCalc ve AutoDimer: Primer kalite kontrol araçları
13. Clustal Omega: DNA dizi alignment, Promotor bölge analizi

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1) - Genom veri bankalarını kullanarak bir gen hakkında temel verilere ulaşılması: gene sembolü, geni tanımı, genomik lokasyon, transkript varyantları ve bu varyantların farkları, exon-intron, UTR bilgileri ve DNA dizileri, paralog ve ortolog ilişkisine sahip oldukları diğer genler, gen üzerinde tanımlanmış polimorfizmler ve nitelikleri, genin ürettiği proteinin yapı ve fonksiyonları, proteinin görev aldığı metabolik yolaklar, RefSeq mRNA dizisi ve protein dizisi,
2) BLAST: tanımı, çeşitleri, parametreler ve kullanımı,
3) BioMart: tanımı, filtrelerin kullanımı, veri kapsamının belirlenmesi, kullanımı, verinin indirilmesi ve yorumlanması,
4) Gene Ontology (GO) ve Kyoto Encyclopedia (KEGG): bir genin ürettiği proteinin sahip olduğu fonksiyonların ve yer aldığı metabolik yolakların tanımlanması,
5) Nükleotid Dizi Çeviriciler: Belirli bir formatta temin edilen DNA dizilerinin farklı formatlara çevrilmesi, reverse, reverse-complement DNA dizi çevirimleri ve nükleotid-aminoasit dizi çevirimleri,
6) Primer3, OligoCalc, AutoDimer: primer tasarımı ve kalite kontrollerinin yapılması,
7) Clustal Omega: DNA dizilerinin hizlanarak karşılaştırılması,
8) Promotor Bölge Analizi: Farklı biyoenformatik araçlar kullanarak promotor bölgeyi işaret eden, CpG island, TSS, İlk Exon, TF bağlanma motifleri ve korunmuş dizi analizleri

Ders Akış Planı

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	1. Bilimsel literatür veri bankaları 2. Ensembl genom veri bankası – temel genomik verilere ulaşım 3. Ensembl ve BLAST uygulaması 4. Ensembl ve BioMart uygulaması 5. NCBI veri bankası – temel genomik verilere ulaşım 6. NCBI veri bankası – GenBank ve RefSeq 7. NCBI – Basic BLAST 8. NCBI – Map Viewer 9. UCSC genom veri bankası - temel genomik verilere ulaşım 10. Gene Ontology (GO) – Metabolik Yolak ve Gen Fonksiyonu Veri Bankası 11. Kyoto Encyclopedia (KEGG) – Gen ve Genom Veri Bankası 12. Nükleotid dizi çeviriciler, Primer3: primer tasarımı, OligoCalc ve AutoDimer: Primer kalite kontrol araçları 13. Clustal Omega: DNA dizi alignment, Promotor bölge analizi	Ders Kılavuzları Sunumlar Ders Notları

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Genom veri bankalarına ait web sayfaları Ders notları ve uygulamalar
Diğer Kaynaklar:	Web pages of genome databases Lecture notes and applications

Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Orta	3 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Ortaöğretimde kazanılan yeterlilikler üzerine kurulan, moleküler biyoloji ve Genetik alanında en güncel bilgileri içeren ders kitapları, uygulama araç- gereçleri ve diğer bilimsel kaynaklarla desteklenen ileri düzeyde bilgi ve kavrayışa sahip olmak ve bunları kullanabilmek.	3
2)	Öğrenciler moleküler biyoloji ve genetik derslerinden edindikleri bilgi ve becerileri entegre ederek teorik ve uygulamalı alanlara uygulayabilirler ve kendi ilgi alanlarına uygun bilgileri kazanabilirler.	3
3)	Öğrenciler temel moleküler biyoloji ve genetik teknikleri hakkında pratik becerileri kazanır	3
4)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki uygulamalarda karşılaşabileceği beklenmeyen karmaşık durumları bireysel ve ekip üyesi olarak sorumluluk alıp çözüm üretebilmek.	1
5)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında yapılacak akademik çalışmaları planlamak ve bağımsız olarak veya paydaşlarıyla ortaklaşa yürütebilecek yeterliliğe sahip olmak.	2
6)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında elde edilen verileri istatistiki olarak değerlendirip yorumlayabilme yeteneğine sahip olmak.	1
7)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki bilgileri takip edebilecek ve meslektaşları ile iletişim kurabilecek düzeyde bir yabancı dil bilgisine sahip olmak.	2
8)	Öğrenciler bilimsel verilerin analizi ve bilgi edinme için bilgisayar teknolojilerini kullanabilir.	3
9)	Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincine sahip olmak, bilgiye erişebilmek, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izlemek ve kendini sürekli yenileme becerisine sahip olmak.	2
10)	Tabiattaki ve toplumdaki olayları çevreci bir anlayışla değerlendirip toplumu bu hususta bilgilendirme ve yönlendirme yetisine sahip olmak.
11)	Öğrenciler gelecekteki işverenlerinin beklentilerine uygun mesleki bilgi ve becerileri edinirler.	3
12)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması ve uygulanması aşamalarında toplumsal, bilimsel, etik değerlere ve bu değerleri koruma bilincine sahip olmak.	1
13)	Öğrenciler genom bilimi, genetik mühendisliği ve biyoteknolojiyi içeren yaşam bilimi ile ilgili teknolojik platformların avantajları ve sınırlarını değerlendirip anlayabilir.	3
14)	Öğrenciler kalite yönetimi ve süreçleri ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olur.

Öğrenme Etkinliği ve Öğretme Yöntemleri

Anlatım
Bireysel çalışma ve ödevi
Ders
Ödev
Uygulama (Modelleme, Tasarım, Maket, Simülasyon, Deney vs.)
Web Tabanlı Öğrenme

Ölçme ve Değerlendirme Yöntemleri ve Kriterleri

Yazılı Sınav (Açık uçlu sorular, çoktan seçmeli, doğru yanlış, eşleştirme, boşluk doldurma, sıralama)
Sözlü sınav
Ödev
Uygulama
Bilgisayar Destekli Sunum

Ölçme ve Değerlendirme

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ödev	4	% 30
Ara Sınavlar	1	% 20
Final	1	% 50
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 50
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 50
Toplam		% 100

İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Aktiviteye Hazırlık	Aktivitede Harçanan Süre	Aktivite Gereksinimi İçin Süre	İş Yükü
Ders Saati	14	3			42
Uygulama	7	7			49
Sınıf Dışı Ders Çalışması	10	5			50
Ödevler	4	1			4
Ara Sınavlar	1	1.5			1.5
Final	1	1.5			1.5
Toplam İş Yükü					148