Course General Introduction Information

Ders Kodu:	MBG214
Course Name:	Moleküler Biyolojide Temel Hesaplamalar
Ders Yarıyılı:	Bahar
Ders Kredileri:	AKTS 3
Öğretim Dili:	TR
Ders Koşulu:
Ders İş Deneyimini Gerektiriyor mu?:	Hayır
Dersin Türü:	Bölüm Seçmeli
Dersin Seviyesi:	Lisans TYYÇ:6. Düzey QF-EHEA:1. Düzey EQF-LLL:6. Düzey
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Ar.Gör. BAHAR KAVACIK
Dersi Veren(ler):	Soner Aksu, PhD
Dersin Yardımcıları:

Dersin Amaç ve İçeriği

Dersin Amacı:

Bu dersin amacı, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü öğrencilerine bu alanda kullanılan deneysel çalışmalar kapsamında kullanılan temel hesaplama yöntemleri hakkında bilgi verilmesini sağlamaktır. Bu şekilde yapılan deneysel çalışmalar neticesinde elde edilen verilerin nasıl analiz edildiği, çalışma temelinde hesaplanan önemli parametrelerin neler olduğu ve bu rakamsal değerlerin nasıl değerlendirilmesi gerektiği hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamaktır.

Dersin İçeriği:

Bu ders; Giriş ve Tarihçe Tarihçe Ölçme, Birim, SI Temel Ve Türetilmiş Birimler Ozmoz, Diffüzyon, Konsantrasyon Çözümlü Örnekler 2- Bilimsel Gösterim ve Metrik: Biyolojide Ölçmeye Bakış Anlamlı Basamaklar Hesaplamalarda Anlamlı Basamaklara Yuvarlama Üsler ve Bilimsel Gösterim Bilimsel Gösterinde Sayıların İfadesi Sayıların Bilimsel Gösterimden Ondalık Gösterime Dönüştürülmesi Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Toplanması ve Çıkarılması Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Çarpılması ve Bölünmesi Metrik Ön Ekler Dönüşüm Faktörleri ve Sadeleştirme Koşulları 3- Çözeltiler Karışımlar ve Ortamlar Seyreltme Derişim Yüzdelik Çözelti Hazırlama ve Seyreltme Mol ve Moleküler Ağırlık Normalite pH, pKa ARA SINAV 4- Hücre Büyümesi Bakteriyel Büyüme Eğrisi Hücre Konsantrasyonun Ayarlanması OD550 Zamana Karşı Lineer Grafik ve Logaritmik Grafik Çizimi Hücre Konsantrasyonu ve Zamana Göre Logaritmik Eğri İkilenme Süresi Dalgalanım Testi Mutasyon Oranı ve Hızı Hemositometre 5- Bakteriyofaj Çalışmaları Enfeksiyon Çokluğu ve Olasılık Faj Titresinin Ölçümü Seyreltme 6- Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi, Sentez ve Transkripsiyon UV spektroskopi Çift İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Tek İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Oligonükleotid miktarının belirlenmesi RNA konsantrasyonun belirlenmesi Moleküler Ağırlık, Molarite ve Nükleik Asit uzunluğu Saptama Limiti ve Nicelik Limiti 7- PCR Kalıp ve Amplifikasyon Üstel Amplifikasyon PCR’ın Etkinliği Amplikon ve Primer Tm Hesaplamaları Primer ve dNTPs DNA Polimeraz Hata Oranı konularını içermektedir.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; 1) Ölçme kavramı ve farklı ölçme temel ve türetilmiş birimler, SI hakkında genel bilgilendirme hakkında bilgi sahibi olacaktır. 2) Anlamlı basamaklar, rakamların bilimsel gösterimi, üslü sayılar ve üslü sayılarla işlemler, bilimsel gösterime çevrilmiş sayılarla dört işlem, yuvarlama hakkında bilgi sahibi olacaktır. 3) Derişim, seyreltme, konsantrasyon, madde miktarı, moleküler ağırlık kavramları, hakkında bilgi sahibi olacaktır. 4) Mol, molarite, normalite, pH, yüzde konsantrasyon hesaplamları, hakkında bilgi sahibi olacaktır. 5) Zamana göre hücre büyümesi, hücre konsantrasyonunun hesaplanması, ikilenme süresi, dalgalanım varyasyon, mutasyon oranı ve hız hesaplamaları, hakkında bilgi sahibi olacaktır. 6) Enfeksiyon çokluğu, faj titresi hesaplamaları, moi ve pfu kavramları hakkında bilgi sahibi olacaktır. 7) Tek ve çift iplikli DNA ve RNA konsantrasyonu hesaplamaları, konsantrasyon ve kalite parametreleri, Beer yasası, tükenme katsayısı ve konsantrasyon ilişkisi, OD ve konsantrasyon ilişkisi, hakkında bilgi sahibi olacaktır. 8) LOD ve LOQ kavramları ve hesaplamaları hakkında bilgi sahibi olacaktır. 9) PCR kimyasalları için konsantrasyon ve miktar hesaplamaları hakkında bilgi sahibi olacaktır. 10) PCR etkinliği ve amplifikasyon ilişkisi hakkında bilgi sahibi olacaktır. 11) DNA polimeraz hata miktarının hesaplanması hakkında bilgi sahibi olacaktır. 12) Amplikon ve Primer Tm derecelerinin hesaplanması hakkında bilgi sahibi olacaktır.

Ders Akış Planı

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Giriş ve Tarihçe Tarihçe Ölçme, Birim, SI Temel Ve Türetilmiş Birimler	Ders Notları ve Sunumlar
2)	Ozmoz, Diffüzyon, Konsantrasyon Çözümlü Örnekler	Ders Notları ve Sunumlar
3)	Bilimsel Gösterim ve Metrik: Biyolojide Ölçmeye Bakış Anlamlı Basamaklar Hesaplamalarda Anlamlı Basamaklara Yuvarlama Üsler ve Bilimsel Gösterim	Ders Notları ve Sunumlar
4)	Bilimsel Gösterinde Sayıların İfadesi Sayıların Bilimsel Gösterimden Ondalık Gösterime Dönüştürülmesi Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Toplanması ve Çıkarılması Bilimsel Gösterimde Yazılan Sayıların Çarpılması ve Bölünmesi Metrik Ön Ekler Dönüşüm Faktörleri ve Sadeleştirme Koşulları	Ders Notları ve Sunumlar
5)	Çözeltiler Karışımlar ve Ortamlar Seyreltme Derişim Yüzdelik Çözelti Hazırlama ve Seyreltme	Ders Notları ve Sunumlar
6)	Mol ve Moleküler Ağırlık Normalite pH, pKa	Ders Notları ve Sunumlar
7)	Hücre Büyümesi Bakteriyel Büyüme Eğrisi Hücre Konsantrasyonun Ayarlanması OD550 Zamana Karşı Lineer Grafik ve Logaritmik Grafik Çizimi	Ders Notları ve Sunumlar
8)	Hücre Konsantrasyonu ve Zamana Göre Logaritmik Eğri İkilenme Süresi Dalgalanım Testi Mutasyon Oranı ve Hızı Hemositometre	Ders Notları ve Sunumlar
9)	Bakteriyofaj Çalışmaları Enfeksiyon Çokluğu ve Olasılık	Ders Notları ve Sunumlar
10)	Faj Titresinin Ölçümü Seyreltme	Ders Notları ve Sunumlar
11)	Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi, Sentez ve Transkripsiyon UV spektroskopi Çift İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi Tek İplikli DNA konsantrasyonunun belirlenmsi	Ders Notları ve Sunumlar
12)	Oligonükleotid miktarının belirlenmesi RNA konsantrasyonun belirlenmesi Moleküler Ağırlık, Molarite ve Nükleik Asit uzunluğu Saptama Limiti ve Nicelik Limiti	Ders Notları ve Sunumlar
13)	PCR Kalıp ve Amplifikasyon Üstel Amplifikasyon PCR’ın Etkinliği	Ders Notları ve Sunumlar
14)	Amplikon ve Primer Tm Hesaplamaları Primer ve dNTPs DNA Polimeraz Hata Oranı	Ders Notları ve Sunumlar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Frank H. Stephenson – Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji İçin Matematiksel Hesaplamalar, 3. Baskı
Diğer Kaynaklar:	Frank H. Stephenson – Mathematical Calculations for Molecular Biology and Biotechnology, 3th Edition

Ders - Öğrenme Kazanımı İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Orta	3 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında güncel ve ileri düzeyde bilgi ve kavrayışa sahip olmalı.
2)	Öğrenciler Moleküler Biyoloji ve Genetik derslerinden edindikleri bilgi ve becerileri entegre edebilmeli ve teorik uygulamalı alanlara uygulayabilmeli.
3)	Öğrenciler temel Moleküler Biyoloji ve Genetik teknikleri hakkında pratik beceriler edinebilmeli ve uygulayabilmeli.
4)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki uygulamalarda karşılaşabileceği beklenmeyen sorunları bireysel bilgi ve becerileri ile yorumlayarak çözebilmeli.
5)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında yapılacak akademik çalışmaları bireysel ve bağımsız olarak planlayarak yürütebilmeli.
6)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında elde edilen verileri analiz ederek yorumlayabilmeli.
7)	Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki bilgileri takip edebilecek ve meslektaşları ile iletişim kurabilecek düzeyde bir yabancı dil bilgisine sahip olabilmeli.
8)	Öğrenciler bilimsel verilerin analizi ve bilgi edinme için bilgisayar teknolojilerini kullanabilmeli.
9)	Doğa olaylarını çevreci bir anlayışla değerlendirebilmeli ve toplumu ilgilendiren olaylar konusunda çevresini bilgilendirme ve yönlendirme yetisine sahip olmalı.
10)	Mesleki yaşamlarına uygun gerekli bilgi ve becerileri edinmiş olmalı.
11)	Mesleki ve akademik çalışmalarını etik ilke ve değerlere uygun bir şekilde yürütebilmeli.
12)	Öğrenciler genetik mühendisliği ve biyoteknoloji alanındaki teknolojik platformların avantajları ve sınırlarını değerlendirebilmeli ve kullanabilmeli.
13)	Öğrenciler kalite yönetimi ve süreçleri ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olmalı.

Öğrenme Etkinliği ve Öğretme Yöntemleri

Anlatım
Ders
Ödev
Problem Çözme

Ölçme ve Değerlendirme Yöntemleri ve Kriterleri

Yazılı Sınav (Açık uçlu sorular, çoktan seçmeli, doğru yanlış, eşleştirme, boşluk doldurma, sıralama)
Ödev
Uygulama

Ölçme ve Değerlendirme

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ödev	4	% 30
Ara Sınavlar	1	% 20
Final	1	% 50
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 50
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 50
Toplam		% 100

İş Yükü ve AKTS Kredisi Hesaplaması

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Süre (Saat)	İş Yükü
Ders Saati	14	2	28
Uygulama	14	1	14
Sınıf Dışı Ders Çalışması	10	3	30
Ödevler	4	4	16
Ara Sınavlar	1	1.5	1.5
Final	1	1.5	1.5
Toplam İş Yükü			91