| Dersin Amacı: |
Bu dersin amacı, öğrencilerin ilaç tasarımı, protein modelleme ve biyolojik sistemlerin dinamiklerini anlamaya yönelik modern hesaplamalı yaklaşımları öğrenmelerini sağlamaktır. Ders, moleküler doking, moleküler dinamik simülasyon analizi, ADME (emilim, dağılım, metabolizma, atılım) analizleri ve protein homoloji modelleme tekniklerini kapsar. Öğrenciler, bu teknikleri çeşitli yazılımlar ve veri tabanlarıyla uygulamalı olarak öğrenecek, hesaplamalı biyolojiye dair temel becerileri kazanacaklardır. |
| Dersin İçeriği: |
Bu ders, biyolojik moleküllerin bilgisayar destekli modelleme yöntemleriyle analiz edilmesini amaçlar. Moleküler doking, moleküler dinamik simülasyon, protein homoloji modelleme ve ADME/toksisite tahmini gibi hesaplamalı teknikler teorik ve uygulamalı olarak ele alınır. Öğrenciler, çeşitli yazılım ve veri tabanları kullanarak protein-ligand etkileşimlerini analiz etmeyi, moleküler sistemler kurmayı ve modelleme sonuçlarını yorumlamayı öğrenirler. |
| Hafta |
Konu |
Ön Hazırlık |
| 1) |
Giriş ve Genel Bakış |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 2) |
Moleküler Görselleştirme |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 3) |
Homoloji Modellemeye Giriş |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık
|
| 4) |
ADME ve Toksisite Tahmini |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 5) |
Doking Teorisine Giriş |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 6) |
AutoDock Vina ile Doking |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 7) |
Doking Sonuçlarının Yorumlanması |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 8) |
Moleküler Dinamik Simülasyona Giriş |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 9) |
Gromacs ile MD Simülasyon (1) |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 10) |
Gromacs ile MD Simülasyon (2) |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 11) |
Gromacs ile MD Simülasyon (3) |
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer ve Oliver Koch, 2019, Uygulamalı Biyoinformatik, Palme Yayıncılık |
| 12) |
Proje Hazırlığı |
- |
| 13) |
Proje Hazırlığı |
- |
| 14) |
Proje Sunumu ve Tartışma |
- |
| |
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi |
Katkı Payı |
| 1) |
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında güncel ve ileri düzeyde bilgi ve kavrayışa sahip olmalı. |
|
| 2) |
Öğrenciler Moleküler Biyoloji ve Genetik derslerinden edindikleri bilgi ve becerileri entegre edebilmeli ve teorik uygulamalı alanlara uygulayabilmeli. |
|
| 3) |
Öğrenciler temel Moleküler Biyoloji ve Genetik teknikleri hakkında pratik beceriler edinebilmeli ve uygulayabilmeli. |
|
| 4) |
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki uygulamalarda karşılaşabileceği beklenmeyen sorunları bireysel bilgi ve becerileri ile yorumlayarak çözebilmeli. |
|
| 5) |
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında yapılacak akademik çalışmaları bireysel ve bağımsız olarak planlayarak yürütebilmeli. |
|
| 6) |
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında elde edilen verileri analiz ederek yorumlayabilmeli. |
|
| 7) |
Moleküler Biyoloji ve Genetik alanındaki bilgileri takip edebilecek ve meslektaşları ile iletişim kurabilecek düzeyde bir yabancı dil bilgisine sahip olabilmeli. |
|
| 8) |
Öğrenciler bilimsel verilerin analizi ve bilgi edinme için bilgisayar teknolojilerini kullanabilmeli. |
|
| 9) |
Doğa olaylarını çevreci bir anlayışla değerlendirebilmeli ve toplumu ilgilendiren olaylar konusunda çevresini bilgilendirme ve yönlendirme yetisine sahip olmalı. |
|
| 10) |
Mesleki yaşamlarına uygun gerekli bilgi ve becerileri edinmiş olmalı. |
|
| 11) |
Mesleki ve akademik çalışmalarını etik ilke ve değerlere uygun bir şekilde yürütebilmeli. |
|
| 12) |
Öğrenciler genetik mühendisliği ve biyoteknoloji alanındaki teknolojik platformların avantajları ve sınırlarını değerlendirebilmeli ve kullanabilmeli. |
|
| 13) |
Öğrenciler kalite yönetimi ve süreçleri ile çevre koruma, iş sağlığı ve güvenliği konularında yeterli bilince sahip olmalı. |
|
İstanbul Sağlık ve Teknoloji Üniversitesi BİLGİ PAKETİ / DERS KATALOĞU